"Упрощенец", продающий товар с НДС не обязан выставлять покупателю "авансовые" счета-фактуры. Если это сделать, то НДС с аванса необходимо заплатить в бюджет, а вот принять его к вычету в момент отгрузки не получится. Кроме того, при отгрузке товара НДС в бюджет необходимо будет заплатить еще раз.

Обоснован данный вывод следующим: Организация, не являющаяся плательщиком НДС, но выставившая покупателю счет-фактуру с суммой выделенного налога, должна уплатить НДС (пп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ).

Данное правило применяется и при выставлении счетов-фактур на полученные авансы.

При этом право на вычет НДС (в т.ч. и уплаченного по "авансовому" счете-фактуре) возникает только у плательщика НДС (п. 1 ст. 171 НК РФ).

В п. 5 постановления от 30.05.2014 № 33 Пленум ВАС РФ указал, что у неплательщика НДС, выставившего счет-фактуру, возлагается лишь обязанность перечислить в бюджет налог.

А вот права на вычет не возникает.

Таким образом, "упрощенец" выставивший счета-фактуры с выделенным НДС и при получении аванса, и при отгрузке оборудования, должен будет уплатить налог в бюджет дважды. При этом, получить вычет авансового НДС он не сможет (см. письмо Минфина России от 21.05.2012 № 03-07-07/53).

Отметим, что НК РФ обязывает неплательщика НДС только уплатить выделенную в счете-фактуре сумму НДС в бюджет и не обязывает его составлять "авансовый" счет-фактуру.

Следовательно, чтобы избежать ситуаций с двойной уплатой НДС, "упрощенец" может составить только один счет-фактуру в момент отгрузки оборудования.