В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ организация – налоговый агент перечисляет удержанный у налогоплательщика налог по месту своего учета. Если от имени организации договор аренды заключает обособленное подразделение, то НДФЛ с арендной платы уплачивается по месту нахождения обособленного подразделения. Других особенностей перечисления НДФЛ с гражданско-правовых договоров с физлицом НК РФ не содержит.

Таким образом, перечисление НДФЛ налоговым агентом с арендной платы не зависит от места нахождения арендуемого имущества.