Отличия в исчислении страховых взносов с выплат временно пребывающим в РФ и временно проживающим в РФ иностранцам касаются только взносов на медицинское (на ОМС) и социальное страхование на случай ВНиМ (на ОСС).

Это связано с тем, что в сфере пенсионного страхования обе категории иностранцев относятся к числу застрахованных (п. 1 ст. 7 Федерального закона от 15.12.2001 № 167-ФЗ). Соответственно, выплаты в их пользу облагаются взносами на ОПС по одним и тем же тарифам (пп. 1 п. 2 ст. 425 НК РФ):

22% – с выплат, не превышающих предельный размер базы;
10% – с выплат, превышающих предельный размер базы.
Что касается взносов на ОСС на страхование от несчастных случаев на производстве и профзаболеваний, их начисление не зависит от миграционного статуса работника. На тариф взносов "на травматизм" влияет только класс профессионального риска, к которому относится основной вид экономической деятельности работодателя (ст. 21 Федерального закона от 24.07.1998 № 125-ФЗ).

А вот обязанность платить взносы на ОМС и ОСС с выплат временно пребывающим и временно проживающим иностранцам, а также тарифы взносов различаются. Так:

выплаты временно пребывающему иностранцу не облагаются взносами на ОМС, поскольку он не относится к числу застрахованных (ст. 10 Федерального закона от 29.11.2010 № 326-ФЗ). Взносы на ОСС с таких сумм исчисляются по тарифу 1,8% (пп. 2 п. 2 ст. 425 НК РФ);
выплаты временно проживающему иностранцу облагаются взносами на ОМС по тарифу 5,1% (ст. 10 Федерального закона от 29.11.2010 № 326-ФЗ, пп. 3 п. 2 ст. 425 НК РФ). Взносы на ОСС рассчитываются по тарифу 2,9% (пп. 2 п. 2 ст. 425 НК РФ).
Как же рассчитать эти взносы за месяц, в котором изменился миграционный статус работника?

В НК РФ данный вопрос не урегулирован. Возможны два варианта действий:

с выплат, начисленных в указанном месяце, исчислить взносы с применением нескольких тарифов.
Другими словами, на выплаты с начала месяца до даты, предшествующей дате смены статуса, необходимо начислить только взносы на ОСС по тарифу 1,8% (т.к. в этот период иностранец признавался временно пребывающим). А с выплат с даты смены статуса и до окончания месяца нужно уплатить взносы на ОСС по тарифу 2,9% и взносы на ОМС по тарифу 5,1% (поскольку в этот период иностранец уже был временно проживающим).

Такой способ расчета рекомендует ФНС России (см. письмо от 06.08.2019 № СД-4-11/15529@), но на данный момент он не реализован в учетных решениях 1С.

с выплат, начисленных в месяце смены миграционного статуса, исчислить взносы исходя из миграционного статуса иностранца на конец этого месяца. Поскольку на последнее число месяца иностранный работник является временно проживающим, то взносы со всей суммы выплат уплачиваются по тарифу 2,9% (на ОСС) и 5,1% (на ОМС).
Именно такой механизм исчисления взносов в настоящее время заложен в учетных решениях программы 1С. Заметим, что ошибкой подобный расчет не является. У работодателя в таком случае возникнет переплата по взносам на ОСС и ОМС, поэтому правомерно обратиться в инспекцию с заявлением на ее зачет либо возврат.